Господин Жарковић је новембра 1975. године постављен за заменика директора, а затим 9 година касније, октобра 1984. године, за директора тадашњег Савезног завода за патенте. На челу Завода био је, с прекидом од две године, до одласка у пензију у јуну 2003. године.Упамћен је као реформатор система интелектуалне својине у Југославији. На његову иницијативу, Законом о изменама и допунама Закона о заштити проналазака, техничких унапређења и знакова разликовања из 1990. године, извршене су радикалне измене патентног система Југославије – уведена је јака патентна заштита, продужено је трајање патената и укинуто поглавље о самоуправном начину уређивања овог права. Припремљени су, а потом и усвојени 1995. године нови закони и у другим областима интелектуалне својине: Закон о жиговима, Закон о моделима и узорцима, Закон о географским ознакама порекла и Закон о патентима.
Под његовим руководством Завод за патенте је 1992. године проширио поље свога деловања и на ауторско право и сродна права. Нови закон, који је донет 1998. године, садржао је значајне новине – обухватио је по први пут поред ауторског и сва сродна права – право интерпретатора, право произвођача фонограма, право произвођача база података и друга, чиме су заштићене инвестиције у стварање одређених нематеријалних творевина.
Током мандата Благоте Жарковића, Југославија је ратификовала 10 од укупно 24 међународне конвенције из области интелектуалне својине које су настале под окриљем Светске организације за интелектуалну својину.
Евоциране су успомене и на значајан допринос Благоте Жарковића афирмацији дела Николе Тесле. У време његовог руковођења Завод је тесно сарађивао са Музејом Николе Тесле. На његову иницијативу обрађени су патенти Николе Тесле, на чему је предано радила група патентних инжењера Завода. Такође, иницирао је и заједничка издања Завода и Музеја Николе Тесле: „Каталог Теслиних патената“, објављен 1987. године, “Дневник из Стразбура“ објављен 2002. године и „Белешке из Едисонове фабрике машина“, објављене 2003. године.
Поменута су и издања Завода чији је главни уредник био Благота Жарковић: „Конвенција о Европском патенту“, четворојезично издање из 1988. године, студије „Корисни модел“ др Слободана Марковића и „Правна заштита славних жигова“, др Божина Влашковића, обе из 1992. године, Заштита индустријске својине у Југославији из 2001. године, Закон о ауторском и сродним правима из 1998, 2001. и 2002. године и многа друга.